Von den drei Hauptwerken, die Roger Bacon in dem kurzen Zeitraum zwischen 1266 und 1268 verfasste, war das "Opus tertium" das letzte, die Zusammenfassung und Summa seines Denkens und seiner Forderungen an eine Modernisierung von Theologie und Wissenschaft seiner Zeit. Papst Clemens IV. hatte ihn brieflich aufgefordert, "uns jenes Werk [...], ungeachtet der gegenteiligen Vorschrift irgendeines Vorgesetzten oder irgendeiner Bestimmung deines Ordens, [...], so schnell wie möglich zu übersenden". Das gab Bacon die Hoffnung, mit seinen Reformvorschlägen zur Neuordnung der Universität und der Wissenschaften auch zu den höchsten Kreisen durchzudringen. Im "Opus tertium" behandelt Bacon eine Vielzahl an Themen in sehr moderner Weise: das Verhältnis von Philosophie und Theologie, Logik und Mathematik, die Notwendigkeit des Studiums alter Sprachen, der Astronomie, Geometrie, Alchemie und - als höchstes Ziel - der Moralphilosophie. Zentrale naturphilosophische und astronomische Fragen werden diskutiert: über Einheit und Teilbarkeit der Materie, die Ewigkeit der Welt, über die Zeitberechnung und den Kalender, das ptolemäische Sternensystem, den Nutzen der Musik und die Alchemie. Roger Bacon weist den Wissenschaften dabei eine einzigartige Gewichtung zu, die ihn in Konflikt mit seiner Zeit brachte: Zwar bleibt die Theologie die "Herrin aller Wissenschaften", aber die empirisch-mathematischen Wissenschaften sind ihr methodologisch vorgeordnet und damit für sie notwendig. Das ist das Grundpostulat des gesamten Bacon'schen Reformprogramms: Die "niederen" Wissenschaften sind ebenfalls Gegenstand der göttlichen Offenbarung und liefern der Theologie ihre Grundlage: denn durch die Anwendung der Prinzipien der anderen Wissenschaften wird die Weisheit der Theologie erst zugänglich.