In dieser epischen, wegweisenden dritten Staffel von Marvels Agents of S.H.I.E.L.D. werden die Ursprünge und der ultimative Plan von Hydra enthüllt. Auf der Suche nach neuen Inhumans finden sich Phil Coulson und sein Team auf einmal der Advanced Threat Containment Unit
(ATCU) gegenüber, einer weiteren Organisation auf der Suche nach Menschen mit übernatürlichen Kräften. Doch in Wirklichkeit dient das Programm als Deckmantel für die düsteren Machenschaften des Hydra-Anführers Gideon Malick, der sich mit dem verräterischen Ex- S.H.I.E.L.D.
Agenten Grant Ward verbündet. Das daraus resultierende Blutbad treibt Coulson zu einem Rachefeldzug, der apokalyptische Konsequenzen in Form der furchteinflößenden außerirdischen Lebensform Hive hat. Um diese Bedrohung zu bekämpfen, stellt Agent Daisy Johnson eine kleine
Gruppe aus Inhumans, die "Secret Warriors", zusammen. Dabei weiß sie noch nicht, dass sie schon bald auf einen ebenbürtigen Gegner stoßen wird, der sie dazu zwingt, ein schweres Opfer zu bringen. Zusammen mit ihrem Trupp setzt sie alles daran, ein von Hydra lang
ersehntes Ereignis zu verhindern - die Rückkehr eines übermächtigen Inhumans aus dessen Exil.