Geboren 1927 in Berlin wurde er im Alter von 15 Jahren als Luftwaffenhelfer eingezogen. 1943 überlebte er ein Verfahren wegen Wehrkraftzersetzung und Defätismus. Ab dem Wintersemester 1945/46 studierte er an der unter sowjetischer Militäradministration stehenden Friedrich-Wilhelms-Universität Unter den Linden (ab 1948 Humboldt-Universität) Jura und Philosophie, Psychologie und Theologie, Kunst- und Literaturgeschichte. Dort wurde er nach einem improvisierten Vortrag zur Verteidigung Sartres gegen stalinistische Kritik denunziert, was ihn dazu veranlasste, 1948 im Westteil der Stadt als Student an der Gründung der Freien Universität mitzuwirken. Auf die Promotion in Philosophie 1952 folgte auf verschlungenen und hindernisreichen Wegen erst im Jahre 1964 die Habilitation mit dem Versuch über die Schwierigkeit nein zu sagen. 1968 wurde Klaus Heinrich Direktor des Religionswissenschaftlichen Instituts, 1971 ordentlicher Professor für Religionswissenschaften auf religionsphilosophischer Grundlage. Nach seiner Emeritierung im Jahre 1995 wurde er 1998 Ehrenmitglied der Deutschen Psychoanalytischen Vereinigung (DPV). Im Jahre 2002 erhielt er den Sigmund-Freud-Preis für wissenschaftliche Prosa der Deutschen Akademie für Sprache und Dichtung.