Medizinische Chemie und pharmazeutische Chemie sind Disziplinen im Schnittpunkt der Chemie, insbesondere der synthetischen organischen Chemie, und der Pharmakologie und verschiedener anderer biologischer Fachgebiete, wo sie sich mit dem Design, der chemischen Synthese und der Entwicklung von pharmazeutischen Wirkstoffen oder bioaktiven Molekülen (Arzneimitteln) für den Markt befassen.Insbesondere umfasst die medizinische Chemie in ihrer gängigsten Praxis, die sich auf kleine organische Moleküle konzentriert, die synthetische organische Chemie und Aspekte von Naturstoffen und die computergestützte Chemie in enger Verbindung mit der chemischen Biologie, Enzymologie und Strukturbiologie, die gemeinsam auf die Entdeckung und Entwicklung neuer therapeutischer Wirkstoffe abzielen. In der Praxis beinhaltet sie chemische Aspekte der Identifizierung und dann die systematische, gründliche synthetische Veränderung neuer chemischer Einheiten, um sie für den therapeutischen Einsatz geeignet zu machen. Sie umfasst synthetische und rechnergestützte Aspekte der Untersuchung bereits in der Entwicklung befindlicher Arzneimittel und Wirkstoffe in Bezug auf ihre Bioaktivitäten (biologische Aktivitäten und Eigenschaften), d.h. das Verständnis ihrer Struktur-Wirkungs-Beziehungen (SAR).