Nach einer Zeit des Friedens in Ninjago, treffen die vier Ninja-Helden auf einen neuen, extrem gefährlichen Widersacher: Lloyd Garmadon, Sohn ihres Erzfeindes Lord Garmadon, hat vier uralte Schlangenstämme entfesselt. Kreaturen, die über magische Waffen und Kräfte verfügen. Auch die Ninjas erliegen beinahe der Macht der Schlangen. Nachdem ihr Kloster zerstört wurde, müssen sie sich eine neue Heimat und neue Fortbewegungsmittel suchen. Ihr neues Hauptquartier ist ein verlassenes Schiff, das in eine fliegende Festung verwandelt werden kann. Doch eine alte Legende spaltet die vier Ninjas: Nur ein einziger Ninja, so heißt es, wird sich als grüner Ninja über die anderen erheben doch wer wird das sein?