Günter Brakelmann wurde am 3. September 1931 in Bochum geboren. Er studierte evangelische Theologie, Sozial- und Ge­schichts­wis­senschaften an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Westfälischen Wil­helms-Universität in Münster. Nach seiner Promotion 1959 wurde Brakelmann zu­­nächst Berufsschul- und Studentenpfarrer in Siegen. Von 1962 bis 1968 war er Dozent an der Evan­ge­lischen Sozial­akademie in Friedewald. 1967 wurde er Wissen­schaftlicher Mitarbeiter am Institut für Christliche Ge­sellschaftslehre der Westfälischen Wilhelms-Universität in Münster, bevor er 1970 zum Direk­tor der Evangelischen Akademie Berlin berufen wur­de. 1972 nahm er einen Ruf auf den Lehrstuhl für Christliche Gesellschaftsleh­re an der Ruhr-Universität Bochum an, auf dem er bis zu seiner Emeritierung 1996 blieb. Von 1980 bis 1996 war er Direktor des Sozial­wissenschaftlichen Instituts (SWI) der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD), das bis 2004 in Bochum angesiedelt war.
Darüber hinaus war er tätig in verschiedenen Gremien der Westfälischen Landeskirche und in der Evangelischen Kirche in Deutschland, u.a. in der Kam­mer der EKD für Öffentliche Verantwortung als langjähriger Vorsitzender des überparteilichen Arbeitskreises Sicherung des Friedens. Er war Mitglied im Aufsichtsrat von Thyssen-Krupp, Salzgitter Stahl und Peiner Träger sowie im Aufsichtsrat des Westdeutschen Rundfunks und des Programmbeirats für das Erste Deutsche Fernsehen; er war berufenes Mitglied der Unab­hängigen Kommission für die künftigen Aufgaben der Bundeswehr im Verteidigungsministeriums. Über die Zeit seiner Emeritierung hinaus liegen seine Forschungsschwerpunkte bei Martin Luther als reformatorischem Theologen und dessen Wirkungs­geschichte in der deutschen National- und Kirchen­geschichte, in der Geschichte des Antisemitismus, der Geschichte des Widerstandes gegen den National­sozialismus und des Verhaltens des deutschen Protestantismus insbesondere der Synode Bochum in der Zeit der beiden Weltkriege.
Im Jahr 2000 wurde Günter Brakelmann mit dem Hans-Ehrenberg-Preis ausgezeichnet. Seit 1957 ist er Mitglied der SPD.