Der Kommentar von Thomas von Aquin zum Johannes-Evangelium ist ein Meisterwerk christlich-katholischer Exegese. Nach Prof. Otto Hermann Pesch (der mehrere Bände der deutschen Thomas-Ausgabe übersetzt hat) geht der Kommentar unmittelbar der Ausarbeitung der Christologie in der Summa Theologica voraus und zeigt Thomas auf der Höhe seines exegetischen Könnens. Die Erschließung der Evangelienstellen beginnt jeweils damit, dass in einer systematischen Gliederung herausgearbeitet wird, was der Evangelist beabsichtigte und wie er vorging, um es zu erreichen. Auf der Grundlage dieses Gerüsts werden dann die verschiedenartigsten Erklärungen gegeben, zum Beispiel sachlich-historische, betreffend etwa Gegebenheiten der jüdischen Religion und des Alltagslebens, die Topographie des Heiligen Landes, die Bedeutung von Orts- und Personennamen oder die Chronologie der Ereignisse im Leben Christi, wobei auch versucht wird, Erklärungen zu finden für die Unterschiede der Darstellung zwischen den Evangelisten. Ferner werden, vor allem in den ersten elf Lectiones und oft im Rückgriff auf Aristoteles, Fragen mit philosophischen Implikationen erörtert, etwa zum Begriff des Wortes (Logos, Inneres Wort). Im Zusammenhang damit nehmen auch theologische Überlegungen zur Dreifaltigkeit einen breiten Raum ein. In einem nächsten Schritt wird die jeweils besprochene Evangelienstelle in Beziehung gesetzt zu anderen Texten biblischen und außerbiblischen Ursprungs, etwa zu Kommentaren aus der Zeit der Patristik, wobei hauptsächlich Augustinus, Chrysostomus und Origenes herangezogen werden. Die biblischen Texte stammen aus 31 Büchern des Alten und 20 des Neuen Testaments. Ein weiterer Punkt, dem Thomas von Aquin große Aufmerksamkeit widmet, ist die Auseinandersetzung mit Häresien, die er meistens durch den Nachweis eines Widerspruchs zu entkräften unternimmt, in dem sie zur Heiligen Schrift selber stehen.