Eckart Giebeler hatte seinen Dienst als Seelsorger im Gefängnis am 1. Oktober 1949 als Vikar bei dem damaligen nebenamtlichen Brandenburger Gefängnispfarrer Werner Marienfeld im Auftrag der Berlin-Brandenburger Kirche begonnen. 1953 schafft allerdings die Hauptverwaltung der Deutschen Volkspolizei (HVDVP), die dem Ministerium des Innern (MdI) der DDR angegliedert ist, neue Fakten, indem sie den Pfarrern Eckart Giebeler und Heinz Bluhm Verträge als hauptamtliche, beim MdI angestellte Gefängnisseelsorger anbietet. Bluhm und Giebeler unterschreiben die Verträge, die Kirche allerdings lehnt ihrerseits eine kirchliche Berufung der beiden Seelsorger auf diese Stellen ab. Neben Pfarrer Hans-Joachim Mund beschäftigt das MdI nun drei hauptamtliche Gefängnisseelsorger. Nachdem Ersterer 1959 in die Bundesrepublik geflohen und Bluhm 1966 verstorben war, blieb Eckart Giebeler der einzige - vom Staat angestellte - hauptamtliche Seelsorger der DDR mit diesem besonderen und einmaligen Status. Mit seiner Anstellung beim MdI saß Giebeler letztlich zwischen allen Stühlen. Er arbeitete im Strafvollzug der DDR und war einerseits - wie alle anderen Strafvollzugsbediensteten auch - beim Ministerium des Innern der DDR, Abteilung Strafvollzug angestellt und wurde von diesem bezahlt, war aber andererseits als evangelischer Pfarrer im Gefüge des DDR-Strafvollzuges ein Fremdkörper, misstrauisch betrachtet vom Personal des Strafvollzuges.
Aber Eckart Giebeler hatte auch eine - bis 1992 unbekannte, streng verborgene - Schattenseite als inoffizieller Mitarbeiter des Ministeriums für Staatssicherheit. Als IM "Roland" schrieb er seit 1959 Berichte über Inhaftierte, besprach Tonbänder mit Informationen über Pfarrkonvente und Pfarrerkollegen und übergab dem MfS Dokumente, die "nur zum innerkirchlichen Dienstgebrauch" bestimmt waren.