In der historischen Forschung wird die Zeit von etwa 1550 bis etwa 1700 als "konfessionelles Zeitalter" bezeichnet, entsprechend großer Raum ist dem Thema Religion in Thomas Winkelbauers Österreichische Geschichte 1522 bis 1699 gewidmet. Im zweiten Band von "Ständefreiheit und Fürstenmacht" werden die Bereiche Reformation und Kirchenspaltung, katholische Reform und Gegenreformation, religiöse Vielfalt und konfessionelle Intransigenz, "Pietas Austriaca" und Barockkatholizismus behandelt. Dabei geht es um Fragen, die im 16. und 17. Jahrhundert sowohl für die Staatsbildung als auch für das Alltagsleben der Menschen aller Stände und Berufe von grundlegender Bedeutung waren. Ausführlich werden auch die Verfolgungen von "Hexen" und "Zauberern" in den österreichischen, böhmischen und ungarischen Ländern untersucht, die in diesen Jahrhunderten in weiten Teilen Europas ihren Höhepunkt erreichten. Es werden Erklärungsversuche für die Ursachen und Hintergründe dieses traurigen Kapitels der europäischen und der österreichischen Geschichte unternommen, das ebenso Teil unseres historischen Gedächtnisses sein sollte wie die von Ferdinand I. und anderen Fürsten betriebene Ausrottungspolitik gegenüber den als Ketzer verfolgten Täufern oder die erschreckende Grausamkeit der frühneuzeitlichen Kriminaljustiz. Abschließend wird die Frage aufgeworfen, ob es berechtigt ist, das 17. Jahrhundert als "formative Phase" der modernen österreichischen Geschichte zu bezeichnen.