Der Protrepticus ist, wie der deutsche Titel schon aussagt, eine Mahnrede an die Heiden Griechenlands, das Christentum anzunehmen. Darin demonstriert Clemens sein umfangreiches Wissen über die heidnische Mythologie und Theologie. Das Werk ist vor allem wegen Clemens' Darstellung der Religion als anthropologisches Phänomen von Bedeutung. Nach einer kurzen philosophischen Diskussion erzählt er die Geschichte der griechischen Religion in sieben Stufen. Clemens deutet an, dass die Menschen anfangs fälschlicherweise die Sonne, den Mond und andere Himmelskörper für Gottheiten hielten. Die nächste Entwicklungsstufe war die Verehrung der Produkte der Landwirtschaft, aus der seiner Meinung nach die Kulte der Demeter und des Dionysos hervorgingen. Dann verehrten die Menschen die Rache und vergötterten unter anderem die menschlichen Gefühle der Liebe und der Angst. In der folgenden Phase versuchten die Dichter Hesiod und Homer, die Gottheiten aufzuzählen; Hesiods Theogonie gibt die Zahl von zwölf an. Schließlich erreichten die Menschen ein Stadium, in dem sie andere, wie z. B. Asklepios und Herakles, als Gottheiten proklamierten. In Bezug auf den Götzendienst behauptet Clemens, dass die Objekte der primitiven Religion ungeformtes Holz und Stein waren und Götzen daher entstanden, als solche natürlichen Gegenstände geschnitzt wurden. In Anlehnung an Platon steht Clement allen Formen der bildenden Kunst kritisch gegenüber und meint, dass Kunstwerke nur Illusionen und "tödliches Spielzeug" seien.