Nach dem Tod seines Vaters Wilhelm IV. von Sachsen-Weimar bezog Herzog Bernhard 1662 Jena als seine Residenz. Sofort begann er mit umfangreichen Baumaßnahmen in der Stadt, um sich eine Hofhaltung nach französischem Vorbild aufzubauen. Hierzu zählte auch eine Sanierung der Stadtkirche St. Michael die fortan als Residenzkirche und die frühere Nonnenempore als Fürstenempore genutzt wurde.
Mit der 1672 erfolgten Erhebung Sachsen-Jenas zum eigenständigen Fürstentum, erfolgte auch die Neugestaltung einer unter dem Chor befindlichen Sakristei, in der sich ein "Heiliges Grab", ein Messaltar "St. Elisabeth und Aegidii", eine Pieta sowie alte Pergamente und Schriften befunden haben sollen. Diese Unterkirche wurde nun durch eine Trennwand in zwei Räume gegliedert. Der südliche Teil erfuhr fortan unterschiedliche Nutzungen, so zeitweise wieder als Sakristei 1668istei. Der nördliche Raum wurde zu einer Grablege für die Fürstenfamilie von Sachsen-Jena umgestaltet. Hier erfolgte die erste Bestattung 1678 mit Bernhard (1678). Auf Wunsch der Herzogin Marie Charlotte wurde kurz danach der bereits 1668 verstorbene Prinz Bernhard aus der Herder Kirche in Weimar zurück nach Jena geholt. Bereits 1682 erfolgte die Beisetzung der Herzogin und mit dem Tod des letzten Fürsten von Jena 1690 auch die letzte Beisetzung im Februar 1691.
Alle vier wurden in aufwendigen Zinnsärgen bestattet, die heute zu den schönsten Thüringens zählen.
Im Rahmen eines interdisziplinären Forschungsprojektes gelang es zwischen 2023 und März 2025 die Räume der Gruft sowie alle Särge zu restaurieren. Begleitend erfolgten die wissenschaftlichen Untersuchungen an der Bestattung Herzog Johann Wilhelms.
Die Ergebnisse aller Arbeiten und Forschungen werden in diesem Band erstmals in voller Breite vorgestellt.