Bernhard Bonkhoff wuchs als Sohn eines Juweliers im elterlichen Wohn- und Geschäftshaus in Homburg auf, wo er 1973 am Saarpfalz-Gymnasium das Abitur ablegte. Anschließend studierte er Evangelische Theologie und Geschichte an der Kirchlichen Hochschule Bethel sowie den Universitäten Tübingen, Erlangen, Heidelberg und München. Sein Erstes Kirchliches Examen legte er 1978 in Speyer ab.1979 erfolgte seine Ordination in der Stadtkirche Homburg. Er promovierte 1992 in Erlangen bei Berndt Hamm. Von 1980 bis zu seiner Pensionierung 2014 war Bonkhoff Gemeindepfarrer in Großbundenbach im Kirchenbezirk Homburg. Unter seiner Ägide wurde in dem der Pfarrei zugehörigen Zweibrücker Stadtteil Mörsbach 1988 die neue Dreifaltigkeitskirche errichtet; im Nachbarort Käshofen entstand durch Umbau der Leichenhalle die Kreuzkapelle. Für das Pfarrdorf Großbundenbach und Mörsbach veröffentlichte er je eine Ortschronik als Autor. Ab 1992 übernahm er an der Evangelisch-Theologischen-Fakultät der Johannes Gutenberg-Universität Mainz einen Lehrauftrag für pfälzische Kirchengeschichte, zudem wurde er Lehrbeauftragter an der Luther-Akademie der Evangelisch-Lutherischen Kirche Lettlands.

Seit 1980 gibt er im Auftrag des Historischen Vereins Zweibrücken die Westricher Geschichtsblätter heraus und von 1993 bis 2003 als Vorsitzender des Vereins für pfälzischen Kirchengeschichte die Blätter für Pfälzische Kirchengeschichte und religiöse Volkskunde.

Seit 1983 gehört er dem Redaktionskreis des Heimatkalenders für das Pirmasenser und Zweibrücker Land an. Von 1987 bis 1999 war Bonkhoff Mitglied in der Redaktion der Zeitschrift Der Turmhahn, Blätter vom künstlerischen Schaffen und Bauen in der Pfälzischen Landeskirche. 25 Jahre war er Mitglied im Liturgischen Arbeitskreis der Evangelischen Kirche der Pfalz. Zeitweise war er Vorsitzender der kirchenpolitischen Gruppierung "Bibel und Bekenntnis" in der Pfalz.