Im Anschluss an das Konzil von Trient (1545-63) verfolgten Papst und Römische Kurie in ihrer Deutschlandpolitik eine nachhaltige Neuorientierung. Ihr erklärtes Ziel war die Durchsetzung der tridentinischen Reform und die Stärkung des bischöflichen Einflusses gegenüber der landesherrlichen Gewalt vor allem im katholisch gebliebenen Südosten des nunmehr konfessionell gespaltenen Heiligen Römischen Reiches, und hier zunächst im Herzogtum Bayern als dem "katholischen Vorort" des Reiches. 1583 gelang es dem päpstlichen Nuntius Felician Ninguarda nach langem und hartem Verhandeln, dem Landesherrn Herzog Wilhelm V. eine für die bischöfliche Gewalt günstige Vertragsregelung abzuringen: das formell zwischen dem Herzog und den "exterritorialen" bayerischen Fürstbischöfen abgeschlossene Bayerische Konkordat vom 5. September 1583. Dieses Vertragswerk blieb nicht nur über mehr als 200 Jahre hindurch die Grundlage des bayerischen Staatskirchenrechts, sondern wirkte als eine Art Mustervertrag auch beispielgebend für ähnliche Übereinkünfte zwischen Bischöfen und katholischen Landesherren anderer Territorien im Reich, insbesondere in den Habsburger Erblanden. - Für die katholischen Gebiete im Reich kann somit eine zumindest partielle antiabsolutistische Sonderentwicklung abgeleitet werden - in Abhebung von dem heute gängigen Konfessionalisierungsparadigma.