Amor de Perdição conta a trágica história de amor entre Simão Botelho e Teresa de Albuquerque, dois jovens cujas famílias são inimigas. Simão, filho de uma família nobre, apaixona-se perdidamente por Teresa, mas a inimizade entre suas famílias torna este amor impossível.

O romance começa com Simão sendo enviado para estudar em Coimbra, onde ele se envolve em várias confusões. Ao retornar, seu amor por Teresa se intensifica, mas a oposição das famílias, especialmente do pai de Teresa, é feroz. Teresa é prometida a Baltasar Coutinho, um casamento arranjado que ela rejeita veementemente.

A história é marcada por confrontos violentos, prisões e exílios. Simão é preso após um confronto fatal com Baltasar, e Teresa é forçada a se refugiar em um convento. O amor entre Simão e Teresa, embora sincero e profundo, está destinado ao fracasso devido às circunstâncias adversas e à rigidez das convenções sociais.